El coche necesita la señal de punto muerto o párking del cambio automático para ponerlo en marcha, si has cambiado la caja de cambios por una manual, no sé qué habrás hecho con los cables.
De todas formas no creo poder serte de mucha más ayuda, te tocará examinar las mangueras y determinar qué cable has de puentear para que arranque el motor. O reprogramar la centralita con el software del cambio manual.
Un saludo.