El ruido que mencionas puede ser debido a dos cosas:
1º Que la bomba de inyección esté fuera de punto, más concrétamente adelantada, de manera que el gasoil es inyectado antes de tiempo y provoca una fuerte picada de biela, (como un cascabeleo metálico similar a cuando le echas éter a un motor)
2º Que los casquillos de biela estén machacados debido a una falta de aceite o al deterioro de los mismos, provocando el golpeo de la biela directamente sobre la muñequilla del cigüeñal.
No creo que sea lo segundo porque según dices has reconstruido el motor por completo, y supongo que habrás puesto casquillos nuevos.
Así que lo que pienso es que debes abrir la tapa de la correa de la distribución y asegurarte bien de que todas las marcas estén en su sitio.
la holgura de taqués de ese motor es 0.10 m/m en admisión y 0.15 m/m en escape.
Los taqués se pueden hacer de dos maneras, puedes buscar el cruce o solape del 4º cilindro para hacer el 1º, luego el 2º para hacer el 3º, luego el 1º para hacer el 4º y por último el 3º para hacer el 2º.
O bien puedes hacerlo más fácil poniendo el 1º en compresión y haciéndolo entero AD/ES, el 3º sólo AD, y el 2º sólo en ES, y el 4º no podrás porque están las dos pisadas.
Después le dás la vuelta al motor, pones el 4º en compresión y haces las válvulas que te quedan, es decir, e 4º entero AD/ES, el 3º sólo ES, el 2º sólo AD, y el 1º está hecho y además tendrá las dos válvulas pisadas.
Parece un trabalenguas...
De todas maneras, pide el manual en el espacio dedicado a ello en este foro.
Un saludo.