El golpeteo seco cuando tocas aceleración es porque tienes algún casquillo aplastado o arañado.
El tema de sacar el motor a ese coche depende sobre todo de los medios que tengas, yo te recomiendo que empieces como tú mismo dices por levantar culata, ver escalón en los cilindros, carbonilla de pistones, que la lleves a planificar, comprobar, que te hagan asientos de válvulas etc...
y si ves que el motor tiene los cilindros tocados, (que los tendrá muy probablemente) pues sacas las transmisiones y sacas el motor sin culata por abajo enganchado a la caja de cambios, luego fuera, separas el cambio del motor ya que se trabaja mucho mejor.
Así es como lo hice yo para meter el motor 2.0 ocho válvulas en un corsa A GSI. ya que no tengo puente para sujetar el motor por arriba, opté por levantar bien el coche, calzarlo con dos borriquetas en los largueros y dejar aprox unos 60 cm entre el cárter y el suelo, para bajarlo utilicé dos gatos, uno en la caja y otro en el cárter igual que para subirlo y cuadrarlo sobre los tacos de motor.
Si vas a reparar el motor, aprovecha para trucarlo si quieres y te quedan ganas claro!!! (aligerar volante de inercia, aumentar compresión mediante un planificado descomunal de la culata, pistones a sobremedida, baño de cromo duro en los cilindros para que no se desgasten y para disminuir rozamientos, pulir colectores....) pero ten en cuenta que puede pegar un explotido si le pasas de vueltas en rodaje!!